Es el órgano ejecutivo. La Junta organiza actos, gestiona los fondos de la Cofradía siguiendo los presupuestos e informa al resto de hermanos de sus gestiones. Así mismo, estudia las propuestas presentadas y hace un seguimiento, dentro de lo posible, de los problemas de los hermanos. Se reúne habitualmente una vez por semana, salvo en período de vacaciones.
Su composición es la siguiente:
Consiliarios (Art. 18 y 19) son los sacerdotes que dirigen la vida espiritual de la Cofradía y fomentan la participación en los planes pastorales diocesanos y en sus objetivos.
Hermano Mayor Art. 20, 21 y 24) Preside el Capítulo y la Junta de Gobierno. Es la máxima representación de la Cofradía. Designa los cargos principales de la Junta. Es nombrado por el Capítulo General por un mandato de cuatro años.
Hno. Teniente (Art. 25) Sustituye al H. Mayor en caso necesario. Asume las funciones que éste le designa.
Hno. Cetro (Art. 26) Es el máximo responsable de las procesiones y maestro de ceremonias. Coordina a todos los cargos procesionales.
Hno. Secretario (Art. 27) Levanta actas de Capítulos y Juntas. Se encarga de la correspondencia y del archivo. Cuenta con la ayuda del Hno. Vicesecretario.
Hno. Tesorero Es el depositario de los fondos de la Cofradía. Está encargado de cobrar y pagar y de llevar la contabilidad. Elabora los presupuestos y presenta las cuentas ante el Capítulo. Es su ayudante el Hno. Vicetesorero.
Hno. Contador Supervisa la administración y da el visto bueno a las cuentas.
Hnos. Vocales Hay tantos como la junta estime necesario según las actividades de la Cofradía. Siempre debe de haber un Delegado de instrumentos y unos Visitadores (de enfermos). Los vocales al igual que el resto miembros de la Junta tienen derecho a voz y voto en la misma.