La Cofradía entra en el nuevo milenio tras celebrar las Bodas de Oro, que sirven de impulso ante lo que supone un cambio duro y trascendental, el cierre de Fuenclara, nuestra sede. Se impulsa la creación de nuevos grupos de trabajo: obra social, teatro, grupos de formación y tiempo libre, coro, publicaciones, etc. creando así nuevos espacios comunes de convivencia.

En 2001 se funda el Coro de la Cofradía. Hasta entonces se había contado de manera intermitente con grupos vocales para animar las celebraciones litúrgicas.

También este año se instaura el homenaje a los hermanos que cumplan 25 y 50 años en la cofradía, con la imposición de una insignia de plata a los primeros y la entrega de una placa conmemorativa a los segundos durante el vino español que tradicionalmente se celebra en la Fiesta de la Santa Espina. En el apartado de Obra Social, en 2001 se organiza la primera donación de sangre, con el principal objetivo de incrementar cada año el número de hermanos donantes. 

Comenzamos el año 2002 con un Festival de Navidad muy especial pues celebraba sus «Bodas de Plata» el grupo de teatro. La junta hizo entrega de un recuerdo conmemorativo al grupo, una escultura del artista D. Mariano Colás hermano de la Cofradía.

La anhelada vuelta a La Seo se produjo también en 2002. Tras las gestiones de la Junta de Gobierno con el Cabildo Metropolitano, éste nos concedió el privilegio de retornar a la Catedral durante los actos del Jueves Santo. Este año un nuevo atributo se unía a los que ya portaba la cofradía, la «corona de espinas».

El año 2003 se dío un fuerte impulso al Vía Crucis de San Gregorio que pasó a ser una procesión más de nuestro programa. Ésta se OLYMPUS DIGITAL CAMERAcambió a la tarde del Domingo de Ramos, aumentado nuestra participación en él. Son convocadas al mismo todas las secciones procesionales, que acompañan desde año a nuestro Cristo Coronado. El Acto pasó a denominarse «Vía Crucis de los Enfermos», pues en él acercamos la Semana Santa a los ingresados en el Hospital Royo Villanova.

El año 2005 supuso un nuevo cambio de sede. En pleno mes de Agosto tuvimos que dejar apresuradamente nuestra oficina en la Casa de la Iglesia, por el comienzo urgente de obras de restauración; trasladando nuestra sede a una oficina de alquiler en el Coso.

2009 fue un año cargado de eventos, pues coincidieron en él la Celebraciónde las «Bodas de Oro» de la Sección de Instrumentos y las de «Plata» de la Peana del Cristo Coronado. Con tal motivo se organizó entre otros actos una procesión extraordinaria en la noche del Miércoles Santo que recorrió las calles de la parroquia.

Además en 2009 nos correspondió la organización del Pregón de Semana Santa de Zaragoza, siendo el pregonero D Francisco Vázquez, embajador de España ante la Santa Sede.  Por si todo ello fuera poco, fuimos invitados por la Congregación de la Soledad de Madrid a participar de su procesión en la tarde el Sábado Santo y celebración del Domingo de Pascua. Acudió gustosamente la Cofradía representada por mas de un centenar de hermanos.

Acabamos la década, con la organización de la Exaltación Infantil y del Concurso-Exaltación de Instrumentos en 2010. 

Y felizmente, también ese año, invitados por el Excmo. Cabildo, recuperamos nuestra colaboración en los Santos Oficios del Jueves Santo en la Seo, con la participación de acólitos, apóstoles en el lavatorio y acompañamiento en la Procesión del
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